北原伊织升入大学后，开始寄住在伊豆的叔父所经营的潜水用具店“Grand Blue”。传入耳中的波涛声、炽烈照射的太阳、开始一起生活的可爱表姐妹……青春的大学生活！这样的伊织所面临的却是——除了野球拳以外，她还要面对各种意想不到的挑战。

《碧蓝之海》第二季的故事承接第一季，讲述伊织完成冲绳潜水执照课程后返回伊豆，并收到妹妹的来信后展开的新篇章。潜水社的日常依然充满着搞笑和欢乐，酒精和派对是必不可少的元素，同时青春的恋情也若隐若现。