《碧蓝之海》第二季的故事承接第一季，讲述伊织完成冲绳潜水执照课程后返回伊豆，并收到妹妹的来信后展开的新篇章。潜水社的日常依然充满着搞笑和欢乐，酒精和派对是必不可少的元素，同时青春的恋情也若隐若现。