故事主要讲述了在纽约市一条大街的地下管道里住著四只功夫高强的忍者神龟和他们的老师斯普林特——只来自日本的超级大老鼠，为了保卫城市家园，他们同狡猾的巴克斯特·斯多克曼博士、紫龙帮的坏蛋以及一伙神秘且训练有素的忍者展开殊死搏斗。这四只神勇无比、所向无敌、神气十足的小乌龟，手执忍者刀、武士棒、双截棍和钢叉，披挂上阵英勇迎敌，团结如兄弟，不畏邪恶与恐吓，始终与妖魔鬼怪斗争着。